Nació en Pajacurán, Michoacán el 12 de febrero de 1854. DE firmes convicciones católicas, hizo estudios como seminarista en Zamora, luego pasó al Colegio Pío Latinoamericano en Roma donde obtuvo la Licenciatura en Derecho Canónico y Doctorado en Teología. Fue ordenado en Roma el 12 de abril de 1. Fue preconizado obispo de Tehuantepec el 19 de enero de 1 y consagrado en Oaxaca el 1 de marzo del mismo año. Trasladado a León el 15 de septiembre de 1907, tomó posesión de esta Diócesis el 19 de noviembre del mismo año.

Es el periodo episcopal más breve que ha tenido la Diócesis de León, apenas de un año. En este tiempo fundó el Consejo de Vigilancia contra el Modernismo, fundó la Liga Eucarística Sacerdotal de la Diócesis y fundó en el Seminario la Congregación Mariana.

Fue promovido a la Arquidiócesis de México el 2 de diciembre de 1908. Permaneció en este cargo durante la revolución. Al proclamarse la Constitución de 1917, que no otorgaba personalidad jurídica a las iglesias, prohibía la participación del clero en la política, su derecho a poseer bienes raíces, así como el culto público fuera de las dependencias eclesiásticas, Mora y del Río, además de otros arzobispos protestaron.

Aunque ya no estaba en la Diócesis de León, tuvo mucho que ver en la idea de la creación del monumento a Cristo Rey en el cerro del Cubilete en Silao, afirmando que el monumento “entroniza al Sagrado Corazón de Jesús sobre toda la República”. Se colocó la primera piedra el 11 de enero de 1923 y el nuncio apostólico, monseñor Ernesto Filippi, ofició el acto. El gobierno consideró la ceremonia no sólo un acto de culto externo prohibido por la ley, sino de desobediencia a las autoridades, por lo que ordenó suspender la construcción del monumento y la expulsión de monseñor Filippi. Esta primera piedra y obra fueron destruidos.

El arzobispo Mora y del Río fue desterrado por Calles el 21 de abril de 1927 debido a la defensa que hizo, mediante varias declaraciones en distintos diarios, sobre la libertad religiosa en compañía de arzobispos, obispos y religiosas. Murió desterrado en San Antonio, Texas, el 22 de abril de 1928.